2006 foi marcado pelas comemorações dos 40 anos da Unicamp, que naquele momento concentrava 15% da produção científica brasileira e cerca de 10% da pós-graduação nacional, segundo dados do Anuário de Pesquisa. Foi defendida a milésima dissertação de mestrado. A Unicamp recebeu acervo pessoal de Cesar Lattes, que é custodiado pelo Arquivo Central. Em homenagem ao físico, a Biblioteca Central passou a se chamar “Biblioteca Central Cesar Lattes” (BCCL). Foi lançada a pedra fundamental do segundo campus de Limeira-SP. Foram inaugurados a clínica odontológica da Faculdade de Odontologia de Piracicaba (FOP), o Centro de Memória e Arquivo Setorial da Faculdade de Ciências Médicas (FCM) e a Estação Guanabara (atual CIS-Guanabara), órgão sediado na extinta Companhia Mogiana de Estradas de Ferro, região central de Campinas. A proposta foi promover ações culturais para ampliar a conexão entre a Unicamp e a sociedade. Na área de saúde, a  Nature Genetics, uma das publicações científicas mais respeitadas do mundo, destacou uma pesquisa do Hemocentro, que descreveu, pela primeira vez, mutações genéticas que codificam proteínas que, por sua vez, determinam a formação normal do sangue. A Unicamp idealizou e coordenou o mais amplo programa de pesquisa multidisciplinar para o mapeamento do cérebro e foi para a FCM o Primeiro Prêmio Saúde Oncológica Latino-Americano, promovido pela Aguilla Saúde Brasil. O Hospital Estadual Sumaré recebeu certificado de acreditação hospitalar Nível 3, a mais alta classificação concedida pela Organização Nacional de Acreditação (ONA).